Osim predmeta koji se čuvaju u fundusu Muzeja iznimno je važno napomenuti veliki broj izložbi, prezentacija, predavanja, radionica, prikupljanja videa koji se odnose na maritimnu baštinu. Tijekom svoje povijesti Narodni muzej Zadar dugo je održavao i međunarodni trijenale fotografije pod imenom Čovjek i more.

Galerija umjetnina čuva i prikuplja umjetničku građu ponajviše iz XX. stoljeća. Fundus od 80 radova u početku narastao je otkupima i donacijama na 1700 umjetničkih predmeta. Tomu treba dodati oko 30000 negativa fotoreporterskog opusa Ante Brkana među kojima se nalaze brojne fotografije s prikazom maritimne baštine zadarske regije, kao i fotografije s Međunarodnog sajma pomorstva, ribarstva i turizma.

Građa Galerije umjetnina podijeljena je na: Zbirku starog slikarstva, Zbirku ikona, Zbirku umjetnosti XIX. i XX. st. (do 1945.), Zbirku suvremene umjetnosti, Zbirku negativa Ante Brkana i Zbirku fotografija kroz koje čuva i prikuplja umjetničke predmete iz maritimne baštine.

Prirodoslovni odjel Narodnog muzeja Zadar vuče svoje korijene još od vremena francuske vladavine u Zadru kad je u sklopu Zadarskog liceja namjesnik Vicenzo Dandolo uložio velika sredstva u osnivanje Prirodoslovnog kabineta.

Povijesno vrijedne su i dvije malakološke zbirke: malakološka zbirka Josefa Grülla s kraja 19. i početka 20. st. te zbirka don Blaža Cvitanovića s oko 6100 primjeraka školjaka i puževa, nastala između 1905. i 1916. godine u Velom Ratu na Dugom otoku.

Posebno je zanimljiva zbirka dermoplastičnih preparata morskih riba koja je većim dijelom nastala u preparatorskoj radionici obitelji Franković u Kaštelima. U njoj je i zanimljiva vrsta morskog psa - psine goleme (Cetorhinus maximus) dugačke 4,5 m.

Muzej grada Zadra skuplja kulturna dobra nastala u razdoblju od kraja XIII. st. do danas, a građa je podijeljena na kulturno-povijesnu zbirku i zbirku novije povijesti.

Tijekom pola stoljeća Odjel je prikupio sljedeće fondove muzejske građe: stara majolika, staklo, namještaj, portreti, stare fotografije, stare razglednice, sitni uporabni predmeti, oružje, makete, zastave, fotografije, dokumente, tiskovine, oružje, plakate, značke itd. Maritimna baština zastupljena je u velikoj većini gore navedenih fondova kao materijalna, ali nematerijalna baština koja veliki dio predmeta stavlja u kontekst maritimne baštine. Stare razglednice obiluju crtežima i fotografijama zadarske luke, barkajola, gata i raznog brodovlja koji ulaze u prostor grada.

Predmeti poput majolike koja je prikupljena u Odjelu odraz su prekojadranskih trgovačkih veza s talijanskim lukama; makete kako brodovlja, tako i gradskih površina omogućavaju nam uvid u prošlost zadarske luke koja se nalazi netom pored zgrade Muzeja grada Zadra. Zadarska luka predmetom je EU projekta REMEMBER; projekta kojim se oživljava sjećanje na pomorsku povijest i tradiciju Jadrana kroz valorizaciju kulturne baštine osam hrvatskih i talijanskih luka – Ancone, Ravenne, Venecije, Trsta, Rijeke, Zadra, Splita i Dubrovnika, a u kojem sudjeluje Muzej grada Zadra.

Predmet koji treba istaknuti i odnosi se na maritimnu baštinu jest i pulena sv. Jurja koja se nalazi u Odjelu i za koju se pretpostavlja kako je riječ o puleni s broda koji je sudjelovao u Lepantskoj bitci 1571. godine